В середине 1800-х годов с целью создания высокопродуктивной породы, которая давала бы молоко
с большим содержанием жира, началось скрещивание аборигенного эстонского скота с Англерским
и Датским Красным. Селекция прошла успешно. Таким образом была выведена Эстонская Красная корова.
К 1885 году появилась первая племенная книга породы. Эстонская Красная быстрыми темпами распространялась по территории страны, пока не началась Первая мировая война, в результате чего численность скота значительно уменьшилась.