Скот Нгуни получил свое название в честь африканского народа Нгуни, ведущего племенной образ жизни.
Около 8000 лет назад произошло скрещивание между Bos taurus и Bos indicus, в результате чего появился гибрид, который стал популярным среди местных жителей. Во время миграции на юг племена взяли свой скот с собой. Благодаря естественному отбору и воздействию окружающей среды, он превратился в прочную и выносливую породу – Нгуни.
После того, как европейцы колонизировали Африку, генетика привезенного с другого континента КРС прочно смешалась с генетикой местных животных. Эта же участь постигла и Нгуни.